在建立方法時，改變流動相的pH值是一個非常有效的工具，尤其在分離一些中性胺類化合物或者在堿性條件下分離其他的有機堿類化合物。
盡管近年來有宣稱硅膠基C18色譜柱在堿性pH條件下能夠穩定工作，但是所有的硅膠基C18色譜柱在pH>6是測量性能均有所下降，相比在理想條件下使用，色譜柱的使用壽命也顯著縮短。
另一方面，聚合物基質色譜柱具有真正的pH值穩定性和化學穩定性，固定相能夠長期耐受濃度高達1M的NaOH和H,SO,，且測量性能不會下降。因為在任何pH值下不會出現填料脫落，滲出或溶解現象，所以色譜柱無需考慮流動相狀況在整個使用壽命內均可可靠地重復檢測。
高pH值的應用
目前超過70%的藥物成分為陽離子溶質，在pH<7時，攜帶正電荷,過去一直很難將其與其他有機堿分離。主要是因為離子化在反相色譜法中起決定性作用，電離胺樣品的洗脫窗口十分狹窄;其次帶正電荷的溶質和色譜柱固定相上殘余的硅醇基發生第二次相互作用，常常導致出現峰值形狀不佳,保留時間出現漂移和柱效降低等異常現象，更進一步縮短色譜柱使用壽命。而PRP-C18可以解決這些問題.
快速洗脫
在現代藥物研發科學中，常規分析色譜不應該成為瓶頸。趨勢是使用包含較小顆粒的較短色譜柱并在較高流速下使用，從而提高生產率。
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